Fondata nel 1912, il Brindisi divennne la squadra più forte della Puglia laureandosi nel 1913 campione pugliese.
In seguito disputò vari campionati di Serie C e Serie D fino alla promozione in Serie B al termine del campionato 1971-1972.

Gli anni della serie B
Nella stagione 1971/72 il Brindisi di Franco Fanuzzi, allenato da Louis De Menezes Vinicius, meglio noto come Vinicio, conquista la Serie B vincendo il campionato di Serie C con 55 punti (cinque punti di distacco dal Lecce, secondo classificato già a due giornate dal termine).
 

FORMAZIONE :
De Rossi, Sensibile, La Palma, Cantarelli, Fiorini, Castelletti, Renna, Giannattasio, Ferrari, Lombardo, Cremaschi
CAPOCANNONIERE : Cremaschi 13 reti
Nella stagione successiva, il Brindisi è nel campionato cadetto: si dimostrerà la sorpresa del campionato che chiuderà in settima posizione con 41 punti.

Nonostante le polemiche il Brindisi comincia la stagione 1973/1974 con l'allenatore Gianni Di Marzio. Al termine della stagione il Brindisi è terzultimo con 34 punti assieme alla Reggina che retrocede per peggior differenza reti.
Nella stagione 1975/1976 il Brindisi è penultimo con 27 punti e retrocede in C1 assieme a Piacenza e Reggiana.

1982/83: il derby cittadino
Nel campionato di Serie C2 1982/1983 la città di Brindisi è rappresentata da due squadre, cioè questa e la Gioventù Brindisi. Nei due derby le due squadre otteranno una vittoria a testa ma la Gioventù Brindisi retrocede.

Storia recente
Dal mese di luglio 2004, in seguito a una crisi societaria e al mancato assolvimento delle formalità per l'iscrizione al campionato di serie C2, la società è stata esclusa dai campionati federali e ha cessato la sua attività. Nell'ultimo campionato di C2, stagione 2003/2004, il Brindisi Calcio si era classificato al secondo posto della classifica a punti, disputando successivamente i play-off e perdendo la finale per l'accesso alla serie C1 nelle gare di andata e ritorno contro il Vittoria.
Successivamente all'esclusione della Brindisi Calcio, il titolo sportivo è stato rilevato da una nuova società, la Football Brindisi 1912, che, come previsto dal c.d. "Lodo Petrucci", ha dovuto ricominciare dal campionato di Eccellenza.

La nuova cordata, messa assieme dal presidente di Assindustria Brindisi Massimo Ferrarese (contemporaneamente impegnato anche nel salvataggio della locale squadra di basket, New Basket Brindisi), è costituita dai fratelli Francesco, Rino e Giuseppe Barretta, Rosario Mazzarella, Luigi Bagnato, Vincenzo Fiorillo, Massimo Ferrarese, Pasquale Giurgola e Aldo Cannone (successivamente questi ultimi due usciranno dalla società), ed è nata ufficialmente la sera del 12 agosto 2004 nello studio del notaio Roberto Baraccio con un capitale sociale di un milione di euro.

Al termine della stagione 2004-05 il Brindisi viene promosso in Serie D.


Cronologia
- 1912/13 - Nasce la Brindisi Sport - Campione Pugliese

- 1913/14 - Campionato Pugliese di 2^ categoria
Il Brindisi si distingueva per la sua bella linea di gioco , un po' inglese

- 1930/31 - Campionato Nazonale di I divisione
Penultimo con 15 punti

- 1936/37 - Campionato di II divisione
Girone a 4 squadre: 1° con 11 punti
Promosso in I divisione

- 1937/38 - Campionato di I divisione
Classificata 4^ con 27 punti

- 1939/40 - Campionato di serie C
Classificata 9^ con 29 punti

- 1942/43 - Campionato di serie C

- 1946/47 - Campionato di serie B gir. C
Classificata 9^ con 31 punti

- 1947/48 - Campionato di serie B gir. C
Classificata ultima con 18 punti
Retrocessa in serie C

- 1948/49 - Campionato di serie C
Classificata 13^ con 31 punti

- 1949/50 - Campionato di serie C
Classificata 8^ con 34 punti

- 1961/62 - Campionato di serie D

- 1962/63 - Campionato di serie D

- 1963/64 - Campionato di serie D

- 1964/65 - Campionato di serie D

- 1965/66 - Campionato di serie D

- 1966/67 - Campionato di serie D
Presidente Franco Fanuzzi
Classificata prima
Promossa in serie C, successivamente penalizzata di 15 punti per illecito sportivo
Classificata 4^

- 1967/68 - Campionato di serie D
Promossa in serie C

- 1968/69 - Campionato di serie C
Classificata 4^ con 43 punti

- 1969/70 - Campionato di serie C
Classificata 2^ con 52 punti

- 1970/71 - Campionato di serie C

- 1971/72 - Campionato di serie C
Classificata prima con 55 punti
Promossa in serie B

- 1972/73 - Campionato di serie B
Classificata 7^ con 41 punti
Salva

- 1973/74 - Campionato di serie B
Classificata 17^ con 34 punti.
Salva

Muore Franco Fanuzzi
- 1974/75 - Campionato di serie B
Salva con 35 punti in classifica

- 1975/76 - Campionato di serie B
Penultima con 27 punti
Retrocessa in serie C/1

- 1976/77 - Campionato di serie C/1

- 1977/78 - Campionato di serie C/1
Ultima classificata con 24 punti
Retrocessa in serie C/2

- 1979/80 - Campionato di serie C/2

- 1980/81 - Campionato di serie C/2

 
- 1981/82 - Campionato di serie C/2

- 1982/83 - Campionato di serie C/2
L'anno del primo derby cittadino

- 1983/84 - Campionato di serie C/2

- 1984/85 - Campionato di serie C/2
Prima classificata con 44 punti
Promossa in serie C/1

- 1985/86 - Campionato di serie C/1

- 1986/87 - Campionato di serie C/1

 
- 1987/88 - Campionato di serie C/1

 
- 1988/89 - Campionato di serie C/1
Quarta classificata
Spareggi qualificazione Coppa Italia: Brindisi-Casertana 1-1 (6-5 rig) 29'De Solda, 33'Petriello

- 1989/90 - Campionato di serie C/1 Retrocessa dopo spareggio con il Campania Puteolana (2-3) fallisce e viene relegata in D

- 1990/91 - Campionato di serie D gir. H

- 1991/92 - Campionato di serie D gir. H

- 1992/93 - Campionato di serie D gir. H

- 1993/94 - Campionato di serie D gir. H

- 1994/95 - Campionato di Eccellenza
In seguito a una ulteriore crisi economica il Brindisi è costretto a scendere in Eccelenza

- 1999/2000 - Campionato di Eccellenza
seconda classificata
Playoff promozione - semifinale: Brindisi - Chieuti 2-0, 1-1
Playoff promozione - finale: Cephaladium - Brindisi 0-2, 0-0
Promosso in serie D

- 2000/01 - Campionato di serie D gir. H

- 2001/02 - Campionato di serie D gir. H
Prima classificata
Promosso in serie C/2 gir. C

- 2002/03 - Campionato di serie C/2 gir. C
Girone a 18 squadre: seconda classificata con 62 punti
Playoff promozione - semifinale: Acireale - Brindisi 1-0 3-3
Resta in C/2 C

- 2003/04 - Campionato di serie C/2 gir. C
Girone a 18 squadre: seconda classificata con 63 punti
Playoff promozione - semifinale: Giugliano - Brindisi 1-2 0-0
Playoff promozione - finale: Vittoria - Brindisi 3-0 0-1
Resta in C/2 C ma è costretto a ripartire dall'Eccellenza dopo il fallimento societario